Điểm mới về khai thuế GTGT theo Thông tư 89
Ngày 30/6/2026, Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành Thông tư 89 2026 TT BTC quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế. Trong đó có một số điểm mới về khai thuế GTGT theo hướng dẫn tại Công văn 5746/CT-CS.
Căn cứ Mục 3.3 Công văn 5746/CT-CS năm 2026, hướng dẫn 06 điểm mới khai thuế GTGT theo Thông tư 89/2026/TT-BTC như sau:
- Về kỳ tính thuế (khoản 1)
- Về cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế (khoản 2)
- Về phương pháp phân bổ, khai thuế, nộp thuế đối với các trường hợp phân bổ nghĩa vụ thuế phải nộp (khoản 3)
- Về khấu trừ thuế GTGT đối với công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước (khoản 4)
- Về hồ sơ khai thuế (khoản 5)
- Về mẫu biểu khai thuế GTGT
Chi tiết về các điểm mới như sau:
1. Về kỳ tính thuế
(i) Sửa đổi quy định khai thuế theo tháng/quý đối với người nộp thuế mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh theo hướng: "trường hợp doanh thu năm dương lịch mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh trên 50 tỷ đồng (bao gồm cả trường hợp hoạt động, kinh doanh không đủ 12 tháng) thì người nộp thuế kê khai theo tháng kể từ năm dương lịch liền kề tiếp theo năm mới hoạt động, kinh doanh” (điểm b.1.2 khoản 1 Thông tư 89/2026/TT-BTC) .
Trước đây, người nộp thuế mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh được lựa chọn khai thuế GTGT theo quý; sau khi hoạt động đủ 12 tháng thì căn cứ doanh thu của năm dương lịch trước liền kề để xác định kỳ khai thuế theo tháng hoặc theo quý.
(ii) Bổ sung quy định về việc cơ quan thuế ban hành thông báo tiếp nhận hoặc không tiếp nhận Văn bản đề nghị thay đổi kỳ tính thuế từ tháng sang quý gửi người nộp thuế. Hệ thống thông tin quản lý thuế cung cấp thông tin về kỳ tính thuế cho người nộp thuế (điểm b.2.2 khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC).
(iii) Sửa đổi, bổ sung quy định: “Trường hợp người nộp thuế tự phát hiện không đủ điều kiện khai thuế theo quý hoặc cơ quan thuế phát hiện người nộp thuế không đủ điều kiện khai thuế theo quý thì người nộp thuế thực hiện khai thuế theo tháng kể từ tháng đầu của quý tiếp theo, nộp lại hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo tháng của các quý trước đó và xác định, nộp tiền chậm nộp theo quy định (trừ trường hợp hồ sơ khai thuế theo quý cơ quan thuế đã ban hành quyết định hoàn thuế hoặc do cơ quan thuế phát hiện qua kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế)" (điểm b.2.3 khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC).
Trước đây, đối với trường hợp người nộp thuế tự phát hiện không đủ điều kiện khai thuế theo quý hoặc cơ quan thuế phát hiện người nộp thuế không đủ điều kiện khai thuế theo quý thì người nộp thuế nộp lại hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo tháng của các quý trước đó, trừ trường hợp cơ quan thuế phát hiện qua kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
(iv) Bổ sung trường hợp khai thuế GTGT theo từng lần phát sinh đối với: “Thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế thuộc các trường hợp đề nghị cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh theo quy định của pháp luật về hóa đơn điện tử” (điểm c.3 khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC).
(v) Bổ sung trường hợp khai thuế GTGT theo từng lần phát sinh đối với các trường hợp: tổ chức bán đấu giá, bên nhận bảo đảm, cơ quan thi hành án thuộc trường hợp khấu trừ, khai thuế thay, nộp thuế thay theo quy định tại điểm c khoản 1 và điểm c, d, k khoản 2 Điều 22 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, trường hợp người nộp thuế trong tháng phát sinh nhiều lần thì được khai theo tháng (điểm c.5 khoản 1). Đồng thời, bổ sung trường hợp trong tháng phát sinh nhiều lần thì được khai theo tháng để cắt giảm thủ tục hành chính do hoạt động bán đấu giá thi hành án có thể phát sinh nhiều giao dịch trong cùng tháng.
2. Về cơ quan tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế
(i) Sửa đổi quy định rõ “Người nộp thuế có dự án đầu tư thuộc trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định pháp luật về thuế giá trị gia tăng và có nhu cầu hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư thì khai thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp,” (điểm b.4 khoản 2).
Trước đây, quy định: “Người nộp thuế đang hoạt động có dự án đầu tư thuộc diện được hoàn thuế giá trị gia tăng thì phải lập hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng riêng cho từng dự án đầu tư”
(ii) Bổ sung quy định: “Trường hợp người nộp thuế do Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục Thuế thương mại điện tử quản lý có dự án đầu tư thì nộp hồ sơ khai thuế đối với dự án đầu tư cho cơ quan thuế tỉnh nơi có dự án đầu tư” (điểm b.4 khoản 2).
(iii) Sửa đổi quy định cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế GTGT đối với dự án đầu tư thực hiện trên nhiều địa bàn tỉnh (điểm b.4 khoản 2), cụ thể:
- Trường hợp có thành lập hoặc giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới.
- Trường hợp không thành lập hoặc không giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Trước đây, theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 11 Nghị định 126/2020/NĐ-CP thì địa điểm nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư khác tỉnh với nơi người nộp thuế (chủ dự án đầu tư) đóng trụ sở chính (bao gồm cả dự án đầu tư thực hiện trên nhiều địa bàn tỉnh) tại nơi có dự án đầu tư.
(iv) Sửa đổi quy định về cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế GTGT “Đối với dự án tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí ở ngoài khơi nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam theo Hợp đồng dầu khí, người điều hành của hợp đồng dầu khí nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp”
Trước đây, quy định khai thuế GTGT của dự án đầu tư tại cơ quan thuế nơi có dự án đầu tư.
(v) Bổ sung quy định khai thuế riêng đối với trường hợp người nộp thuế có đơn vị phụ thuộc tại đơn vị hành chính cấp tỉnh cùng nơi đóng trụ sở chính: “Nếu đơn vị phụ thuộc có con dấu, có tài khoản ngân hàng, trực tiếp bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, sử dụng hóa đơn của đơn vị phụ thuộc đã đăng ký với cơ quan thuế quản lý đơn vị phụ thuộc, theo dõi hạch toán đầy đủ thuế giá trị gia tăng đầu ra, đầu vào và có nhu cầu kê khai nộp thuế riêng thì đơn vị phụ thuộc khai thuế, nộp thuế giá trị gia tăng tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị phụ thuộc.” (điểm c khoản 2).
(vi) Bổ sung quy định cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của tổ chức khấu trừ, nộp thay số thuế đã khấu trừ và tổ chức khai thuế thay, nộp thay thuế theo quy định tại điểm c khoản 1 và các điểm c.1, d và điểm k khoản 2 Điều 22 Nghị định 252/2026/NĐ-CP: Đối với tài sản bảo đảm là bất động sản là cơ quan thuế nơi có bất động sản chuyển nhượng; Đối với tài sản bảo đảm là tài sản khác là cơ quan thuế quản lý trực tiếp cơ quan, tổ chức bán tài sản bảo đảm (điểm d khoản 2).
3. Về phương pháp phân bổ, khai thuế, nộp thuế đối với các trường hợp phân bổ nghĩa vụ thuế phải nộp
(i) Bổ sung quy định về phân bổ thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ do cơ sở kinh doanh dịch vụ viễn thông mua để đầu tư dùng chung cho toàn hệ thống hạ tầng của cơ sở kinh doanh (điểm e.2 khoản 3). Theo đó:
- Đối với số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (bao gồm: toàn bộ tài sản cố định, vật tư, hàng hóa, chi phí dịch vụ mua ngoài) dùng chung hệ thống hạ tầng viễn thông đầu tư, mua sắm phát sinh tại trụ sở chính hoặc đơn vị phân cấp ủy quyền, người nộp thuế được lựa chọn phân bổ số thuế GTGT đầu vào này cho trụ sở chính và các đơn vị phụ thuộc ở các tỉnh để kê khai, khấu trừ tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp;
- Tỷ lệ phân bổ xác định theo tỷ lệ phần trăm (%) doanh thu (chưa bao gồm thuế GTGT) phát sinh tại trụ sở chính, các chi nhánh tại các tỉnh trên tổng doanh thu của trụ sở chính và các chi nhánh của kỳ tính thuế GTGT trước liền kề kỳ tính thuế giá trị gia tăng thực hiện phân bổ;
- Việc phân bổ thuế GTGT áp dụng cho năm dương lịch, trường hợp thay đổi phương pháp thì thực hiện từ năm dương lịch tiếp theo.
(ii) Về mẫu biểu: bổ sung phụ lục bảng kê thuế GTGT đầu vào phân bổ cho chi nhánh kinh doanh viễn thông mẫu số 01-7/GTGT kèm theo hồ sơ khai thuế mẫu 01/GTGT.
4. Về khấu trừ thuế GTGT đối với công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước
(i) Sửa đổi, bổ sung quy định về khấu trừ thuế giá trị gia tăng đối với công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước đối với trường hợp công trình xây dựng trong dự án đầu tư theo phương thức đối tác công tư (dự án PPP): Kho bạc Nhà nước thực hiện khấu trừ tiền thuế giá trị gia tăng của các nhà thầu là đơn vị trực tiếp thi công công trình xây dựng khi thực hiện thủ tục thanh toán vốn ngân sách nhà nước chi cho đầu tư công cho cơ quan được giao quản lý vốn nhà nước (điểm a khoản 4).
Trước đây, quy định Kho bạc Nhà nước thực hiện khấu trừ tiền thuế giá trị gia tăng của các nhà thầu khi thực hiện thủ tục thanh toán vốn đầu tư xây dựng cơ bản của ngân sách nhà nước cho chủ đầu tư chưa có quy định cụ thể cho dự án PPP.
(ii) Sửa đổi quy định về cách thức xác định doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng trong trường hợp hợp đồng ký kết theo giá đã có thuế giá trị gia tăng (điểm a khoản 4).
Trước đây, quy định chung, không quy định cụ thể cách thức quy đổi.
(iii) Sửa đổi, bổ sung quy định các trường hợp Kho bạc Nhà nước không thực hiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng (điểm b khoản 4):
- Bổ sung thêm hoạt động tư vấn, khảo sát, thiết kế, bảo hiểm, kế toán của công trình xây dựng; hoạt động xây dựng trong khu phi thuế quan;
- Sửa đổi quy định các khoản chi phí đầu tư xây dựng của các công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản có giá trị công trình xây dựng bao gồm cả thuế giá trị gia tăng dưới 01 tỷ đồng;
- Sửa đổi quy định rõ trường hợp chủ đầu tư có chứng từ chứng minh đã nộp đầy đủ tiền thuế vào ngân sách nhà nước đối với toàn bộ số thuế giá trị gia tăng phát sinh của nhà thầu và trách nhiệm của chủ đầu tư trong việc cung cấp chứng từ nộp cho Kho bạc Nhà nước để chứng minh đã nộp đủ tiền thuế vào NSNN.
Trước đây, quy định không cụ thể về không khấu trừ đối với hoạt động xây dựng không theo quy định của pháp luật về hệ thống ngành kinh tế quốc dân và quy định của pháp luật chuyên ngành; quy định không khấu trừ đối với khoản chi từ ngân sách cấp xã có tổng mức đầu tư của công trình dưới 01 tỷ đồng và không quy định cụ thể về chứng từ chứng minh đã nộp đầy đủ tiền thuế vào ngân sách nhà nước.
(iv) Sửa đổi quy định quy định rõ trách nhiệm của chủ đầu tư hoặc cơ quan được giao quản lý vốn nhà nước trong dự án PPP phải kê khai đầy đủ, chính xác, trung thực thông tin nộp thuế GTGT của nhà thầu trên chứng từ thanh toán và cung cấp chứng từ thanh toán cho Kho bạc Nhà nước để khấu trừ thuế GTGT (điểm c khoản 4).
Trước đây, chủ đầu tư có trách nhiệm lập chứng từ thanh toán và cung cấp chứng từ cho nhà thầu sau khi Kho bạc Nhà nước khấu trừ thuế GTGT.
(v) Sửa đổi quy định nhà thầu không phải lập tờ khai thuế mẫu số 05/GTGT đối với công trình, hạng mục công trình xây dựng trong cùng tỉnh với nơi nhà thầu đóng trụ sở chính khi Kho bạc Nhà nước thực hiện khấu trừ thuế GTGT (điểm đ khoản 4).
Trước đây, chỉ quy định tại mẫu tờ khai thuế 05/GTGT ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC, chưa có quy định cụ thể tại khoản 5 Điều 13 Thông tư 80/2021/TT-BTC.
5. Về hồ sơ khai thuế
(i) Bổ sung quy định về nộp hồ sơ khai thuế GTGT riêng đối với tổ chức bán đấu giá, bên nhận bảo đảm, cơ quan thi hành án thuộc trường hợp khấu trừ, khai thuế thay, nộp thuế thay theo quy định tại điểm c khoản 1 và điểm c, d, k khoản 2 Điều 22 Nghị định 252/2026/NĐ-CP (điểm b.6 khoản 5).
(ii) Bổ sung quy định "trường hợp dự án đầu tư đang trong giai đoạn đầu tư có phát sinh doanh thu chạy thử, doanh thu hoạt động tài chính, doanh thu thanh lý nguyên vật liệu thì kê khai doanh thu phát sinh này vào tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư trên tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT với số thuế phát sinh trên tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT” (điểm b.7 khoản 5).
(iii) Bổ sung quy định về khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động đại lý (điểm c khoản 5).
(iv) Bãi bỏ quy định tại điểm đ khoản 2 Điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP về người nộp thuế được giao quản lý hợp đồng hợp tác kinh doanh với tổ chức nhưng không thành lập pháp nhân riêng thì thực hiện khai thuế riêng đối với hợp đồng hợp tác kinh doanh theo thỏa thuận tại hợp đồng hợp tác kinh doanh.
6. Về mẫu biểu khai thuế GTGT
(i) Đối với tờ khai 01/GTGT sửa đổi, bổ sung các nội dung sau:
- Sửa đổi tên chỉ tiêu [06], [08], [11a], [23a], [24a], [32a];
- Bỏ chỉ tiêu [11b];
- Bổ sung chỉ tiêu [32b] “Hàng hoá, dịch vụ bán ra không tính vào giá tỉnh thuế giá trị gia tăng” để khai giá trị hàng hóa, dịch vụ thuộc trường hợp không tính vào giá tính thuế giá trị gia tăng theo quy định của pháp luật thuế giá trị gia tăng (trừ trường hợp không phải sử dụng hóa đơn điện từ theo quy định tại khoản 8 Điều 7 Nghị định 254/2026/NĐ-CP và trường hợp phải lập hóa đơn điện từ nhưng trên hóa đơn giá trị gia tăng đã ghi riêng giá trị của hàng hóa, dịch vụ bán ra không tỉnh vào giá tính thuế giá trị gia tăng) và chỉ tiêu [34a] “Hàng hoá, dịch vụ bán ra không thuộc phạm vi điều chỉnh của pháp luật thuế giá trị gia tăng” để khai doanh thu của hàng hóa, dịch vụ theo quy định tại khoản 2 Điều 40 Nghị định 181/2025/NĐ-CP ngày 01/07/2025 của Chính phủ và các văn bản sửa đổi, bổ sung;
- Sửa đổi công thức tính tại chỉ tiêu [27] và [34];
- Sửa đổi phần ghi chú để sửa tên “Hoạt động khai thác dầu khí", sửa đổi quy định cách thức khai vào chỉ tiêu [37], [38] và [39a].
(ii) Đối với Phụ lục Bảng phân bố số thuế giá trị gia tăng phải nộp đối với hoạt động sản xuất thủy điện mẫu số 01-2/GTGT: Bổ sung nội dung tại phần ghi chú quy định thời gian áp dụng phụ lục này đến hết ngày 31/12/2026.
(iii) Đối với Phụ lục Bảng phân bổ số thuế giá trị gia tăng phải nộp mẫu số 01-6/GTGT sửa đổi, bổ sung hướng dẫn tại phần ghi chú các nội dung sau: Sửa đổi đối tượng phân bổ để thêm cơ sở sản xuất điện mặt trời mái nhà, bổ sung quy định thời gian áp dụng phụ lục này đến hết ngày 31/12/2026.
(iv) Đối với Phụ lục Thông tin đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng mẫu 01-8/GTGT: bổ sung phụ lục này để người nộp thuế nộp cùng hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng có khai chỉ tiêu đề nghị hoàn trên tờ khai thuế từ kỳ tính thuế tháng 7/2026 trở đi.
Đối với hồ sơ khai thuế đã khai chỉ tiêu đề nghị hoàn trên tờ khai thuế của kỳ tính thuế trước tháng 7/2026 nhưng gửi hồ sơ hoàn thuế đến cơ quan thuế sau thời điểm cơ quan thuế đã áp dụng toàn bộ các hình thức giao dịch điện từ trong lĩnh vực quản lý thuế quy định tại khoản 2 Điều 99 Thông tư 89/2026/TT-BTC thì kê khai riêng phụ lục này gửi cơ quan thuế mà không phải bổ sung tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế có chỉ tiêu đề nghị hoàn.
(v) Đối với tờ khai thuế GTGT mẫu số 03/GTGT sửa đổi, bổ sung các nội dung sau:
- Sửa đổi tên chỉ tiêu [22], [23];
- Bổ sung chỉ tiêu [263], [266];
- Sửa đổi công thức tính tại chỉ tiêu [27].
(vi) Đối với tờ khai thuế GTGT mẫu số 04/GTGT sửa đổi, bổ sung các nội dung sau:
- Bổ sung chỉ tiêu [01a] và thông tin tại phần ghi chú hướng dẫn các trường hợp khai riêng đáp ứng quy định tại Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC;
- Sửa đổi tiêu đề mục A: Bổ sung trường hợp khai thuế đối với hoạt động bán tài sản bảo đảm thi hành án của Cơ quan thi hành án và trường hợp đề nghị cấp hóa đơn điện tử từng lần phát sinh là hóa đơn bán hàng, Bổ sung các chỉ tiêu [21a], [216], [302];
- Sửa đổi nội dung hướng dẫn khai tại mục A và B đáp ứng quy định cho các trường hợp khai riêng theo quy định tại Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Trên đây là 06 điểm mới khai thuế GTGT theo Thông tư 89/2026/TT-BTC. Quý khách có nhu cầu tư vấn dịch vụ vui lòng liên hệ thông tin bên dưới để được tư vấn MIỄN PHÍ.
O969.541.541 Mr Chiêm (Call/Zalo/Viber)
Theo dõi chúng tôi tại
TRUNG TÂM TƯ VẤN GIẤY PHÉP - THUẾ - KẾ TOÁN TÍN VIỆT
Văn phòng: 11/7 Thoại Ngọc Hầu, Phường Tân Phú, TPHCM
Google Map: Xem đường đi
Thời gian mở cửa: Thứ 2 - Sáng Thứ 7: Sáng 08:00 AM - 12:00 PM; Chiều 13:00 AM - 17:00 PM
[E]: admin@ketoantinviet.com
[W]: ketoantinviet.vn - ketoantinviet.com.vn - ketoantinviet.com
Căn cứ Mục 3.3 Công văn 5746/CT-CS năm 2026, hướng dẫn 06 điểm mới khai thuế GTGT theo Thông tư 89/2026/TT-BTC như sau:
- Về kỳ tính thuế (khoản 1)
- Về cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế (khoản 2)
- Về phương pháp phân bổ, khai thuế, nộp thuế đối với các trường hợp phân bổ nghĩa vụ thuế phải nộp (khoản 3)
- Về khấu trừ thuế GTGT đối với công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước (khoản 4)
- Về hồ sơ khai thuế (khoản 5)
- Về mẫu biểu khai thuế GTGT
Chi tiết về các điểm mới như sau:
1. Về kỳ tính thuế
(i) Sửa đổi quy định khai thuế theo tháng/quý đối với người nộp thuế mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh theo hướng: "trường hợp doanh thu năm dương lịch mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh trên 50 tỷ đồng (bao gồm cả trường hợp hoạt động, kinh doanh không đủ 12 tháng) thì người nộp thuế kê khai theo tháng kể từ năm dương lịch liền kề tiếp theo năm mới hoạt động, kinh doanh” (điểm b.1.2 khoản 1 Thông tư 89/2026/TT-BTC) .
Trước đây, người nộp thuế mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh được lựa chọn khai thuế GTGT theo quý; sau khi hoạt động đủ 12 tháng thì căn cứ doanh thu của năm dương lịch trước liền kề để xác định kỳ khai thuế theo tháng hoặc theo quý.
(ii) Bổ sung quy định về việc cơ quan thuế ban hành thông báo tiếp nhận hoặc không tiếp nhận Văn bản đề nghị thay đổi kỳ tính thuế từ tháng sang quý gửi người nộp thuế. Hệ thống thông tin quản lý thuế cung cấp thông tin về kỳ tính thuế cho người nộp thuế (điểm b.2.2 khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC).
(iii) Sửa đổi, bổ sung quy định: “Trường hợp người nộp thuế tự phát hiện không đủ điều kiện khai thuế theo quý hoặc cơ quan thuế phát hiện người nộp thuế không đủ điều kiện khai thuế theo quý thì người nộp thuế thực hiện khai thuế theo tháng kể từ tháng đầu của quý tiếp theo, nộp lại hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo tháng của các quý trước đó và xác định, nộp tiền chậm nộp theo quy định (trừ trường hợp hồ sơ khai thuế theo quý cơ quan thuế đã ban hành quyết định hoàn thuế hoặc do cơ quan thuế phát hiện qua kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế)" (điểm b.2.3 khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC).
Trước đây, đối với trường hợp người nộp thuế tự phát hiện không đủ điều kiện khai thuế theo quý hoặc cơ quan thuế phát hiện người nộp thuế không đủ điều kiện khai thuế theo quý thì người nộp thuế nộp lại hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo tháng của các quý trước đó, trừ trường hợp cơ quan thuế phát hiện qua kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
(iv) Bổ sung trường hợp khai thuế GTGT theo từng lần phát sinh đối với: “Thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế thuộc các trường hợp đề nghị cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh theo quy định của pháp luật về hóa đơn điện tử” (điểm c.3 khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC).
(v) Bổ sung trường hợp khai thuế GTGT theo từng lần phát sinh đối với các trường hợp: tổ chức bán đấu giá, bên nhận bảo đảm, cơ quan thi hành án thuộc trường hợp khấu trừ, khai thuế thay, nộp thuế thay theo quy định tại điểm c khoản 1 và điểm c, d, k khoản 2 Điều 22 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, trường hợp người nộp thuế trong tháng phát sinh nhiều lần thì được khai theo tháng (điểm c.5 khoản 1). Đồng thời, bổ sung trường hợp trong tháng phát sinh nhiều lần thì được khai theo tháng để cắt giảm thủ tục hành chính do hoạt động bán đấu giá thi hành án có thể phát sinh nhiều giao dịch trong cùng tháng.
2. Về cơ quan tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế
(i) Sửa đổi quy định rõ “Người nộp thuế có dự án đầu tư thuộc trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định pháp luật về thuế giá trị gia tăng và có nhu cầu hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư thì khai thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp,” (điểm b.4 khoản 2).
Trước đây, quy định: “Người nộp thuế đang hoạt động có dự án đầu tư thuộc diện được hoàn thuế giá trị gia tăng thì phải lập hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng riêng cho từng dự án đầu tư”
(ii) Bổ sung quy định: “Trường hợp người nộp thuế do Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục Thuế thương mại điện tử quản lý có dự án đầu tư thì nộp hồ sơ khai thuế đối với dự án đầu tư cho cơ quan thuế tỉnh nơi có dự án đầu tư” (điểm b.4 khoản 2).
(iii) Sửa đổi quy định cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế GTGT đối với dự án đầu tư thực hiện trên nhiều địa bàn tỉnh (điểm b.4 khoản 2), cụ thể:
- Trường hợp có thành lập hoặc giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới.
- Trường hợp không thành lập hoặc không giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Trước đây, theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 11 Nghị định 126/2020/NĐ-CP thì địa điểm nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư khác tỉnh với nơi người nộp thuế (chủ dự án đầu tư) đóng trụ sở chính (bao gồm cả dự án đầu tư thực hiện trên nhiều địa bàn tỉnh) tại nơi có dự án đầu tư.
(iv) Sửa đổi quy định về cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế GTGT “Đối với dự án tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí ở ngoài khơi nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam theo Hợp đồng dầu khí, người điều hành của hợp đồng dầu khí nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp”
Trước đây, quy định khai thuế GTGT của dự án đầu tư tại cơ quan thuế nơi có dự án đầu tư.
(v) Bổ sung quy định khai thuế riêng đối với trường hợp người nộp thuế có đơn vị phụ thuộc tại đơn vị hành chính cấp tỉnh cùng nơi đóng trụ sở chính: “Nếu đơn vị phụ thuộc có con dấu, có tài khoản ngân hàng, trực tiếp bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, sử dụng hóa đơn của đơn vị phụ thuộc đã đăng ký với cơ quan thuế quản lý đơn vị phụ thuộc, theo dõi hạch toán đầy đủ thuế giá trị gia tăng đầu ra, đầu vào và có nhu cầu kê khai nộp thuế riêng thì đơn vị phụ thuộc khai thuế, nộp thuế giá trị gia tăng tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị phụ thuộc.” (điểm c khoản 2).
(vi) Bổ sung quy định cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của tổ chức khấu trừ, nộp thay số thuế đã khấu trừ và tổ chức khai thuế thay, nộp thay thuế theo quy định tại điểm c khoản 1 và các điểm c.1, d và điểm k khoản 2 Điều 22 Nghị định 252/2026/NĐ-CP: Đối với tài sản bảo đảm là bất động sản là cơ quan thuế nơi có bất động sản chuyển nhượng; Đối với tài sản bảo đảm là tài sản khác là cơ quan thuế quản lý trực tiếp cơ quan, tổ chức bán tài sản bảo đảm (điểm d khoản 2).
3. Về phương pháp phân bổ, khai thuế, nộp thuế đối với các trường hợp phân bổ nghĩa vụ thuế phải nộp
(i) Bổ sung quy định về phân bổ thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ do cơ sở kinh doanh dịch vụ viễn thông mua để đầu tư dùng chung cho toàn hệ thống hạ tầng của cơ sở kinh doanh (điểm e.2 khoản 3). Theo đó:
- Đối với số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (bao gồm: toàn bộ tài sản cố định, vật tư, hàng hóa, chi phí dịch vụ mua ngoài) dùng chung hệ thống hạ tầng viễn thông đầu tư, mua sắm phát sinh tại trụ sở chính hoặc đơn vị phân cấp ủy quyền, người nộp thuế được lựa chọn phân bổ số thuế GTGT đầu vào này cho trụ sở chính và các đơn vị phụ thuộc ở các tỉnh để kê khai, khấu trừ tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp;
- Tỷ lệ phân bổ xác định theo tỷ lệ phần trăm (%) doanh thu (chưa bao gồm thuế GTGT) phát sinh tại trụ sở chính, các chi nhánh tại các tỉnh trên tổng doanh thu của trụ sở chính và các chi nhánh của kỳ tính thuế GTGT trước liền kề kỳ tính thuế giá trị gia tăng thực hiện phân bổ;
- Việc phân bổ thuế GTGT áp dụng cho năm dương lịch, trường hợp thay đổi phương pháp thì thực hiện từ năm dương lịch tiếp theo.
(ii) Về mẫu biểu: bổ sung phụ lục bảng kê thuế GTGT đầu vào phân bổ cho chi nhánh kinh doanh viễn thông mẫu số 01-7/GTGT kèm theo hồ sơ khai thuế mẫu 01/GTGT.
4. Về khấu trừ thuế GTGT đối với công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước
(i) Sửa đổi, bổ sung quy định về khấu trừ thuế giá trị gia tăng đối với công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước đối với trường hợp công trình xây dựng trong dự án đầu tư theo phương thức đối tác công tư (dự án PPP): Kho bạc Nhà nước thực hiện khấu trừ tiền thuế giá trị gia tăng của các nhà thầu là đơn vị trực tiếp thi công công trình xây dựng khi thực hiện thủ tục thanh toán vốn ngân sách nhà nước chi cho đầu tư công cho cơ quan được giao quản lý vốn nhà nước (điểm a khoản 4).
Trước đây, quy định Kho bạc Nhà nước thực hiện khấu trừ tiền thuế giá trị gia tăng của các nhà thầu khi thực hiện thủ tục thanh toán vốn đầu tư xây dựng cơ bản của ngân sách nhà nước cho chủ đầu tư chưa có quy định cụ thể cho dự án PPP.
(ii) Sửa đổi quy định về cách thức xác định doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng trong trường hợp hợp đồng ký kết theo giá đã có thuế giá trị gia tăng (điểm a khoản 4).
Trước đây, quy định chung, không quy định cụ thể cách thức quy đổi.
(iii) Sửa đổi, bổ sung quy định các trường hợp Kho bạc Nhà nước không thực hiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng (điểm b khoản 4):
- Bổ sung thêm hoạt động tư vấn, khảo sát, thiết kế, bảo hiểm, kế toán của công trình xây dựng; hoạt động xây dựng trong khu phi thuế quan;
- Sửa đổi quy định các khoản chi phí đầu tư xây dựng của các công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản có giá trị công trình xây dựng bao gồm cả thuế giá trị gia tăng dưới 01 tỷ đồng;
- Sửa đổi quy định rõ trường hợp chủ đầu tư có chứng từ chứng minh đã nộp đầy đủ tiền thuế vào ngân sách nhà nước đối với toàn bộ số thuế giá trị gia tăng phát sinh của nhà thầu và trách nhiệm của chủ đầu tư trong việc cung cấp chứng từ nộp cho Kho bạc Nhà nước để chứng minh đã nộp đủ tiền thuế vào NSNN.
Trước đây, quy định không cụ thể về không khấu trừ đối với hoạt động xây dựng không theo quy định của pháp luật về hệ thống ngành kinh tế quốc dân và quy định của pháp luật chuyên ngành; quy định không khấu trừ đối với khoản chi từ ngân sách cấp xã có tổng mức đầu tư của công trình dưới 01 tỷ đồng và không quy định cụ thể về chứng từ chứng minh đã nộp đầy đủ tiền thuế vào ngân sách nhà nước.
(iv) Sửa đổi quy định quy định rõ trách nhiệm của chủ đầu tư hoặc cơ quan được giao quản lý vốn nhà nước trong dự án PPP phải kê khai đầy đủ, chính xác, trung thực thông tin nộp thuế GTGT của nhà thầu trên chứng từ thanh toán và cung cấp chứng từ thanh toán cho Kho bạc Nhà nước để khấu trừ thuế GTGT (điểm c khoản 4).
Trước đây, chủ đầu tư có trách nhiệm lập chứng từ thanh toán và cung cấp chứng từ cho nhà thầu sau khi Kho bạc Nhà nước khấu trừ thuế GTGT.
(v) Sửa đổi quy định nhà thầu không phải lập tờ khai thuế mẫu số 05/GTGT đối với công trình, hạng mục công trình xây dựng trong cùng tỉnh với nơi nhà thầu đóng trụ sở chính khi Kho bạc Nhà nước thực hiện khấu trừ thuế GTGT (điểm đ khoản 4).
Trước đây, chỉ quy định tại mẫu tờ khai thuế 05/GTGT ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC, chưa có quy định cụ thể tại khoản 5 Điều 13 Thông tư 80/2021/TT-BTC.
5. Về hồ sơ khai thuế
(i) Bổ sung quy định về nộp hồ sơ khai thuế GTGT riêng đối với tổ chức bán đấu giá, bên nhận bảo đảm, cơ quan thi hành án thuộc trường hợp khấu trừ, khai thuế thay, nộp thuế thay theo quy định tại điểm c khoản 1 và điểm c, d, k khoản 2 Điều 22 Nghị định 252/2026/NĐ-CP (điểm b.6 khoản 5).
(ii) Bổ sung quy định "trường hợp dự án đầu tư đang trong giai đoạn đầu tư có phát sinh doanh thu chạy thử, doanh thu hoạt động tài chính, doanh thu thanh lý nguyên vật liệu thì kê khai doanh thu phát sinh này vào tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư trên tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT với số thuế phát sinh trên tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT” (điểm b.7 khoản 5).
(iii) Bổ sung quy định về khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động đại lý (điểm c khoản 5).
(iv) Bãi bỏ quy định tại điểm đ khoản 2 Điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP về người nộp thuế được giao quản lý hợp đồng hợp tác kinh doanh với tổ chức nhưng không thành lập pháp nhân riêng thì thực hiện khai thuế riêng đối với hợp đồng hợp tác kinh doanh theo thỏa thuận tại hợp đồng hợp tác kinh doanh.
6. Về mẫu biểu khai thuế GTGT
(i) Đối với tờ khai 01/GTGT sửa đổi, bổ sung các nội dung sau:
- Sửa đổi tên chỉ tiêu [06], [08], [11a], [23a], [24a], [32a];
- Bỏ chỉ tiêu [11b];
- Bổ sung chỉ tiêu [32b] “Hàng hoá, dịch vụ bán ra không tính vào giá tỉnh thuế giá trị gia tăng” để khai giá trị hàng hóa, dịch vụ thuộc trường hợp không tính vào giá tính thuế giá trị gia tăng theo quy định của pháp luật thuế giá trị gia tăng (trừ trường hợp không phải sử dụng hóa đơn điện từ theo quy định tại khoản 8 Điều 7 Nghị định 254/2026/NĐ-CP và trường hợp phải lập hóa đơn điện từ nhưng trên hóa đơn giá trị gia tăng đã ghi riêng giá trị của hàng hóa, dịch vụ bán ra không tỉnh vào giá tính thuế giá trị gia tăng) và chỉ tiêu [34a] “Hàng hoá, dịch vụ bán ra không thuộc phạm vi điều chỉnh của pháp luật thuế giá trị gia tăng” để khai doanh thu của hàng hóa, dịch vụ theo quy định tại khoản 2 Điều 40 Nghị định 181/2025/NĐ-CP ngày 01/07/2025 của Chính phủ và các văn bản sửa đổi, bổ sung;
- Sửa đổi công thức tính tại chỉ tiêu [27] và [34];
- Sửa đổi phần ghi chú để sửa tên “Hoạt động khai thác dầu khí", sửa đổi quy định cách thức khai vào chỉ tiêu [37], [38] và [39a].
(ii) Đối với Phụ lục Bảng phân bố số thuế giá trị gia tăng phải nộp đối với hoạt động sản xuất thủy điện mẫu số 01-2/GTGT: Bổ sung nội dung tại phần ghi chú quy định thời gian áp dụng phụ lục này đến hết ngày 31/12/2026.
(iii) Đối với Phụ lục Bảng phân bổ số thuế giá trị gia tăng phải nộp mẫu số 01-6/GTGT sửa đổi, bổ sung hướng dẫn tại phần ghi chú các nội dung sau: Sửa đổi đối tượng phân bổ để thêm cơ sở sản xuất điện mặt trời mái nhà, bổ sung quy định thời gian áp dụng phụ lục này đến hết ngày 31/12/2026.
(iv) Đối với Phụ lục Thông tin đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng mẫu 01-8/GTGT: bổ sung phụ lục này để người nộp thuế nộp cùng hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng có khai chỉ tiêu đề nghị hoàn trên tờ khai thuế từ kỳ tính thuế tháng 7/2026 trở đi.
Đối với hồ sơ khai thuế đã khai chỉ tiêu đề nghị hoàn trên tờ khai thuế của kỳ tính thuế trước tháng 7/2026 nhưng gửi hồ sơ hoàn thuế đến cơ quan thuế sau thời điểm cơ quan thuế đã áp dụng toàn bộ các hình thức giao dịch điện từ trong lĩnh vực quản lý thuế quy định tại khoản 2 Điều 99 Thông tư 89/2026/TT-BTC thì kê khai riêng phụ lục này gửi cơ quan thuế mà không phải bổ sung tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế có chỉ tiêu đề nghị hoàn.
(v) Đối với tờ khai thuế GTGT mẫu số 03/GTGT sửa đổi, bổ sung các nội dung sau:
- Sửa đổi tên chỉ tiêu [22], [23];
- Bổ sung chỉ tiêu [263], [266];
- Sửa đổi công thức tính tại chỉ tiêu [27].
(vi) Đối với tờ khai thuế GTGT mẫu số 04/GTGT sửa đổi, bổ sung các nội dung sau:
- Bổ sung chỉ tiêu [01a] và thông tin tại phần ghi chú hướng dẫn các trường hợp khai riêng đáp ứng quy định tại Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC;
- Sửa đổi tiêu đề mục A: Bổ sung trường hợp khai thuế đối với hoạt động bán tài sản bảo đảm thi hành án của Cơ quan thi hành án và trường hợp đề nghị cấp hóa đơn điện tử từng lần phát sinh là hóa đơn bán hàng, Bổ sung các chỉ tiêu [21a], [216], [302];
- Sửa đổi nội dung hướng dẫn khai tại mục A và B đáp ứng quy định cho các trường hợp khai riêng theo quy định tại Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Trên đây là 06 điểm mới khai thuế GTGT theo Thông tư 89/2026/TT-BTC. Quý khách có nhu cầu tư vấn dịch vụ vui lòng liên hệ thông tin bên dưới để được tư vấn MIỄN PHÍ.
O969.541.541 Mr Chiêm (Call/Zalo/Viber)Theo dõi chúng tôi tại
TRUNG TÂM TƯ VẤN GIẤY PHÉP - THUẾ - KẾ TOÁN TÍN VIỆT
Văn phòng: 11/7 Thoại Ngọc Hầu, Phường Tân Phú, TPHCM
Google Map: Xem đường đi
Thời gian mở cửa: Thứ 2 - Sáng Thứ 7: Sáng 08:00 AM - 12:00 PM; Chiều 13:00 AM - 17:00 PM
[E]: admin@ketoantinviet.com
[W]: ketoantinviet.vn - ketoantinviet.com.vn - ketoantinviet.com
Tin liên quan :
